济宁市委市政府认真贯彻落实党中央、国务院关于南水北调的战略决策和山东省委省政府的具体部署要求，决心服从大局、克服困难、全力治污，确保实现调水和治污目标。
济宁市是南水北调东线工程输水干线的必经之路，山东境内输水干线487公里，济宁就有197.9公里，该市1.1万平方公里辖区全部在汇水区内，预计全市南水北调工程总投资将达到60亿元人民币，该市水资源较为丰富，基本不需要补充外来水源。但是，济宁市从大局出发，把南水北调作为一项事关国家根本利益的政治任务来抓，未雨绸缪，主动迎接南水北调的挑战，在项目未实施前就自我加压，关闭2万吨级以下造纸生产线11条，取缔有区域性生产特点的小淀粉生产企业300家，建成城市生活污水处理厂5座，日处理能力达到了36万吨。2000年以来，又建成了一批污水深度处理及资源化工程，严肃查处了一批环保违法行为。最近又编制了《南水北调东线济宁段水污染防治规划》，为南水北调的实施打下了良好的基础。
日前，济宁市与山东省政府签订了南水北调治污任务责任书以后，决心变压力为动力，变挑战为机遇，下最大的决心，以最硬的措施，背水一战，确保过境水质安全。该市今后重点抓好控制污染物排放总量、削减污染负荷、清洁生产、截污导流、控制面源污染等6项工作。
“十五”期间全市计划建成15座污水处理厂，污水处理能力提高到63.5万吨／日。该市规定，今后所有企业必须执行国家一级综合污水排放标准，大幅度削减污染负荷。对不能稳定达标的万吨酒精生产线实施关闭。为从源头上减少污染，严格控制污染行业的发展，严格查处违法建设项目。将在11个城区及南四湖沿岸的重点乡镇兴建污水资源化截污工程，重点抓好微山、梁山、鱼台县等地的截污改道工程，集中建设中水调蓄水库和回用工程。启动生态市建设，控制和减轻农业面源污染。济宁市建立了严格的治污责任制，要求逾期不能达到南水北调治污标准的企业一律关停并转。决定在重点河口、湖泊设置水质自动监测控制设备，提高监控能力。全市建立了南水北调资金筹集计划，出台了相应的政策措施，采取政府投入和市场吸引等多种方式，保证南水北调资金及时到位。